Οργάνωσε και διοικούσε σημαντική επαναστατική δύναμη, ονομαζόμενη «Απελευθερωτικός Στρατός του Νότου». Ο ίδιος καταγόταν από οικογένεια της μεσαίας κοινωνικής τάξης. Γεννήθηκε μιγάς από καταγωγή (mestizo) και παιδί πολυτέκνων (το 9ο από τα 10 παιδιά των Gabriel Zapata και Cleofas Salazar) στο χωριό Σαν Μιγκέλ Ανενκουϊλκο (Anenecuilco) της μεξικανικής πολιτείας Μορέλος. Ήταν mediero (επίμορτος καλλιεργητής) και εκπαιδευτής αλόγων. Υπηρέτησε στο στρατό για επτά μήνες.
Σαν Πρόεδρος του συμβουλίου του χωριού του, έκανε εκστρατεία για την αποκατάσταση των εδαφών του χωριού που δημεύθηκαν από τα hacendados (τσιφλικάδες). Το σύνθημά του ήταν «Tierra Υ Libertad» (γη κι ελευθερία), ενώ πηγές της εποχής αναφέρουν ότι παρόλο που δεν ήταν μορφωμένος είχε έντονα καλλιεργημένο το αίσθημα δικαίου, καθώς η οικογένειά του συντήρησε και ανέδειξε αυτή την αίσθηση, μέσα από τις μνήμες των μεγαλυτέρων.
Οι Ζαπάτα είχαν δώσει το αίμα τους, στις μάχες κατά της Ισπανίας, κατά της γαλλικής επικυριαρχίας, υπέρ των κοινωνικών μεταρρυθμίσεων. Έγινε μάρτυρας του ημιφεουδαρχικού, καπιταλιστικού συστήματος του Μεξικού, που ευνοούσε τους ιδιοκτήτες τεράστιων εκτάσεων γης. Την εποχή εκείνη, τη χώρα κυβερνούσε ο στρατηγός Πορφίριο Ντίας, η δικτατορία του οποίου σήμανε μια εποχή εγκατάλειψης των μεταρρυθμίσεων. Το κοινωνικό σύστημα της εποχής εκείνης ήταν πρωτόγονα καπιταλιστικό ημι-φεουδαρχικό, οργανωμένο γύρω από τις μεγάλες ιδιοκτησίες γης (τις «χασιέδας», «haciendas», που αποτελούσαν το 85% της γης και ανήκαν στο μόλις 2% του πληθυσμού), οι οποίες έκαναν σχεδόν αδύνατη την επιβίωση των ανεξάρτητων κοινοτήτων των αυτοχθόνων ινδιάνων ή των μιγάδων, οι περισσότεροι των οποίων είχαν πέσει σε καθεστώς δουλείας («peonaje») στις «χασιέδας», λόγω χρεών.
Σε ηλικία 18 ετών φυλακίστηκε για μικρό διάστημα, όταν πήρε το μέρος των φτωχών χωρικών του Μορέλος, που αντιδρούσαν στην κατάποση των μικροϊδιοκτησιών τους από τις μεγάλες «χασιέδας».
Το φθινόπωρο του 1909 σε ηλικία 30 ετών ο Ζαπάτα εκλέχτηκε από τους συγχωριανούς του επικεφαλής της επιτροπής άμυνας για την περιφρούρηση των περιουσιών των μικρογαιοκτημόνων, οι οποίες είχαν καταπατηθεί. Εκμεταλλεύθηκε τις αρμοδιότητές του για ν” αρχίσει να συγκροτεί έναν μικρό δικό του στρατό, ο οποίος την άνοιξη του 1911 ξεπέρασε τους 1.000 ένοπλους: “στις 29 Μαρτίου 1911 ο Εμιλιάνο Ζαπάτα και οι άντρες του εισέβαλαν στον περίβολο της Τσιναμένα, πήραν στην κατοχή τους 40 τουφέκια Σάβατζ και όλα τα πυρομαχικά και τα άλογα… Μέσα σε λίγες βδομάδες, ο στρατός του Ζαπάτα διέθετε περισσότερους από 1.000 άνδρες” περιγράφει ο Αντόλφο Τζίλι. Τον Νοέμβριο του 1910, ξέσπασε μεγάλη αγροτική εξέγερση στην χώρα, υπό τον Φρανσίσκο Μαδέρο, πολιτικού αντιπάλου του Πορφύριου Δίαζ. Ο Ζαπάτα προσχώρησε στην Επανάσταση που είχε σύνθημα «γη κι ελευθερία» μαζί με τους Πάντσο Βίλα και Πασκουάλ Ορότσκο.
Τελικά όμως ο Μαδέρο, ενώ κατάφερε η επανάσταση να επιβληθεί, παρέκλινε από τις θέσεις της Επανάστασης αρνούμενος να διατάξει αναδιανομή της γης. Τότε, ο Εμιλιάνο Ζαπάτα προχώρησε με την βοήθεια του αναρχικού, δασκάλου Οτίλιο Μοντάνιο Σάντσεζ, σε κατάρτιση δικού του επαναστατικού αγροτικού προγράμματος (με την ονομασία «πρόγραμμα Αγιάλα»), το οποίο προέβλεπε δήμευση και μοίρασμα στους ακτήμονες του ενός τρίτου των γαιών των φεουδαρχών hacendados, δήμευση όλης της γης των ξένων και των αντιστεκόμενων στην επανάσταση (όσοι hacendados αρνούνταν να παραδώσουν προς αναδιανομή το ένα τρίτο των γαιών τους, θα την έχαναν όλη!), επιστροφή στους μικροϊδιοκτήτες όλων των κατασχεμένων λόγω χρεών περιουσιών τους και παροχή συντάξεων στις χήρες και τα ορφανά όλων των πεσόντων στην επανάσταση.
Σύμφωνα με το Σχέδιο Αγιάλα, όλες οι κατασχεθείσες εκτάσεις θα αποτελούσαν κοινοκτημοσύνη των ινδιάνικων κοινοτήτων. Οι Ζαπατίστας ήταν αντάρτες και όχι κανονικός στρατός. Τη μια στιγμή βρίσκονταν στα χωράφια τους σπέρνοντας και την επομένη έπαιρναν το όπλο τους -συνήθως ένα από τα όπλα που εγκατέλειψε ο στρατός του Ντίας- και ακολουθούσαν τον φυσικό τους ηγέτη. Ακόμη και τις μέρες που πολεμούσαν δεν έχαναν μεροκάματα: ο Ζαπάτα φρόντιζε να πληρώνονται, «αναδιανέμοντας» έτσι και τον πλούτο που είχαν αφήσει πίσω τους οι τσιφλικάδες, εγκαταλείποντας τα σπίτια τους. Ακόμη κι όταν η πρωτεύουσα έπεσε στα χέρια του, συνέχισε να ελέγχει ο ίδιος τον τρόπο διανομής της γης ώστε να μοιράζεται δίκαια και να μην γίνονται χατίρια, αλλά και να μην μπορούν οι τσιφλικάδες να δωροδοκούν, να απειλούν και να διαφθείρουν το στρατό του. Η ζωή του γεροδεμένου, μυστακοφόρου, άγριου, παθιασμένου με την επανάσταση άνδρα, ήταν πολύ πιο λιτή κι από τους φτωχότερους των στρατιωτών του. Κι αυτό αύξανε το θαυμασμό, την αγάπη και την πίστη των Ζαπατίστας στο πρόσωπό του.
Σύντομα αρκετοί ριζοσπάστες διανοούμενοι τάχθηκαν στο πλευρό του Ζαπάτα. Είχαν ενθουσιαστεί ακριβώς από τη γλώσσα του Σχεδίου, είχαν δει στο πρόσωπο του Εμιλιάνο τον ήρωα γέννημα-θρέμμα της γης του Μεξικού , που μπορούσε να ταυτιστεί πλήρως με το λαό, να τον ξεσηκώσει, να τον εμπνεύσει Άνθρωποι με σπουδές και περγαμηνές, όπως ο πατέρας του νομπελίστα μεξικάνου ποιητή Οκτάβιο Πας, επίσης Οκτάβιο Πας, όπως ο αναρχικός και φίλος του πρίγκιπα Κροπότκιν Αντόνιο Ντίας Σότο ι Γάμα, όπως ο Οκτάβιο Χαν που είχε πολεμήσει στην Παρισινή Κομμούνα, όπως ο μαρξιστής Μιγκέλ Μεντόζα.
Στο πλευρό του συγκεντρώνονταν όλο και περισσότεροι αγρότες, ενώ οι απόψεις του υποστηρίχτηκαν και από πολλούς διανοούμενους, που συνέδεσαν τις θεωρίες του με αυτές του Καρλ Μαρξ. Μετά την καταστολή της εξέγερσης του Μαδέρο, το Φεβρουάριο του 1913, ο Ζαπάτα ένωσε τις δυνάμεις του με αυτές του Πάντσο Βίλα στο βορρά και συνέχισε τον αγώνα του, ακόμα κι όταν έπεσε η δικτατορία του Ντίας. Μαζί κατέλαβαν τρεις φορές την πόλη του Μεξικού, αλλά αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν.
Ο μεγάλος εκείνος επαναστάτης, ο «τίγρης του Νότου» («El Tigre del Sur»), όπως τον αποκαλούσε ο λαός, που δήλωνε ότι «είναι καλύτερα να πεθαίνει κανείς όρθιος, παρά να ζει γονατιστός» («es mejor morir a pie que vivir arrodillado»), προστάτης ήρωας για τους αυτόχθονες χωρικούς και«μηδενιστής» και «αρχιλήσταρχος» για τους γαιοκτήμονες και την κυβέρνηση που τον είχε επικηρύξει ελπίζοντας μάταια στην προδοσία από δυσαρεστημένους αντάρτες του, δολοφονήθηκε τελικά με καταιγισμό πυρών από τις κυβερνητικές δυνάμεις στις 10 Απριλίου 1919 στην χασιέδα de San Juan της Τσιναμέκα (Chinameca) του Μορέλος, μετά από ενέδρα που του στήθηκε από τον στρατηγό Πάμπλο Γκονζάλες (Pablo Gonzalez, που είχε καταστρέψει παλαιότερα ολόκληρα χωριά και είχε κρεμάσει εκατοντάδες χωρικούς).
Για να παρασύρει τον Ζαπάτα στην ενέδρα, ο Γκονζάλες είχε προσποιηθεί πως ενδιαφερόταν να προσχωρήσει στους «Ζαπατίστας», για να γίνει μάλιστα περισσότερο πιστευτός, ο πρόεδρος Venustiano Carranza του είχε επιτρέψει επίθεση σε κυβερνητικό απόσπασμα, κατά την οποία είχαν χάσει την ζωή τους 57 στρατιώτες. Για τους αυτόχθονες λαούς, υπήρξε σωτήρας και ήρωας της επανάστασης. Έγινε θρύλος, ενώ ζούσε ακόμη. Αναρίθμητες ιστορίες και τραγούδια γι” αυτόν λέγονται ακόμη και σήμερα, ενώ ο τάφος είναι ένα από τα πιο σεβάσμια μνημεία για τους ιθαγενείς του Νότιου Μεξικού. Ανδριάντες του έχουν ανεγερθεί στη πόλη του Μεξικού και στη πόλη Μορέλος, ενώ το όνομά του συμπεριλαμβάνεται στη στήλη των ηρώων της επανάστασης στην αίθουσα συνεδριάσεων της Βουλής του Μεξικού.
Λίγο μετά την εξόντωση του ηγέτη του, ο «Απελευθερωτικός Στρατός» διαλύθηκε, ενώ όμοιο τέλος με τον Ζαπάτα είχε και ο συναγωνιστής του Βίγια, που δολοφονήθηκε και αυτός το 1923. Για τον Ζαπάτα γράφτηκαν πολλές ιστορίες και τραγούδια, πολλά ακόμα και από την εποχή που ακόμα ζούσε, ενώ μέχρι και σήμερα ο τάφος του αποτελεί σημείο προσκυνήματος για τους ιθαγενείς του Νότιου Μεξικού, ο ίδιος λατρεύεται από αρκετούς ως ενσάρκωση του υπερασπιστή του λαού Θεού Βοτάν των αρχαίων Μάγιας (ως Votan Zapata) και στο όνομά του (ως «Ζαπατίστικος Στρατός για την Εθνική Απελευθέρωση», «Ejercito Zapatista de Liberacion Nacional» ή EZLN ή «Ζαπατίστας») έχει συγκροτηθεί από το 1994 το επαναστατικό κίνημα των αυτοχθόνων Ινδιάνων στην περιοχή Τσιάπας (Chiapas).
